20 sierpnia 2024 r. Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku wydanym w sprawie o sygn. akt II FSK 595/24 przesądził, że ulga na prace badawczo-rozwojowe stanowi pomoc publiczną w rozumieniu art. 107 i 108 Traktatu o Funkcjonowaniu Unii Europejskiej (Dz. U.2004.90.864/2).

Co ciekawe, to przełomowe ustalenie pojawiło się w wyroku zapadłym na tle sporu dotyczącego  rozumienia przesłanki „twórczości” oraz „innowacyjności” prowadzonych przez podatnika prac badawczo-rozwojowych, a zatem bynajmniej nie w kontekście ani nie w związku z rozstrzygnięciem, czy omawiana ulga podatkowa stanowi pomoc publiczną. Odnieść można wrażenie jakby sądowi administracyjnemu umknęła waga ustalenia jakie poczynił na kanwie cyt. wyżej wyroku. Gdyby bowiem ulga B+R miała w istocie stanowić pomoc publiczną, to konieczne byłoby dalsze ustalenie, czy była rodzajem pomocy zgodnym z rynkiem wewnętrznym (w świetle chociażby rozporządzenia Komisji (UE) nr 651/2014 z dnia 17 czerwca 2014 r. uznającego niektóre rodzaje pomocy za zgodne z rynkiem wewnętrznym), a jeżeli nie, to czy zamiar jej udzielenia podlegał obowiązkowi notyfikacji (zgodnie z rozporządzeniem Rady (UE) 2015/1589 z dnia 13 lipca 2015 r. ustanawiającym szczegółowe zasady stosowania art. 108 Traktatu). Konieczne byłoby także ustalenie, czy w braku takiej notyfikacji, ulga ta zostanie uznana za niedozwoloną pomoc publiczną, zaś korzystający z niej podatnicy będą zobowiązani do zapłaty zaległego podatku z odsetkami z tytułu jej odliczenia od podstawy opodatkowania.

Zarysowany scenariusz nie jest bynajmniej nieprawdopodobny jeżeli się zważy, że analogiczne sytuacje miały już miejsce w przeszłości, aby wspomnieć chociażby zwolnienie od podatku od nieruchomości gruntów, budynków i budowli wchodzących w skład infrastruktury kolejowej, przyznane w 2017 r. (art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l.) i obowiązujące w tym brzmieniu do końca 2021 r.  Jak pamiętamy organy podatkowe przez wiele lat nie kwestionowały prawa do skorzystania z tego zwolnienia, utrzymując podatników w przekonaniu, że jest to prawnie dozwolone. Po niemalże czterech latach od wprowadzenia ulgi stanowisko to uległo diametralnej zmianie i obecnie prawo do zwolnienia jest podważane właśnie z uwagi na brak prawidłowej notyfikacji przyznanej pomocy publicznej. Finalnie kwestia ta stała się przedmiotem pytania prejudycjalnego skierowanego do Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej (postanowienie NSA z dnia 19 kwietnia 2023 r., III FSK 3/22), który zadecydował o jej rozpoznaniu w składzie wielkiej izby (15 sędziów). Korzystne dla podatników stanowisko przedstawiła w swojej opinii rzecznik generalna Juliane Kokott wskazując, że „zwolnienie podatkowe nie stanowi (…) selektywnej korzyści w rozumieniu prawa pomocy państwa” (opinia rzecznik generalnej TSUE z dnia 17 października 2024 roku; C-453/23).

W tym kontekście omawiane stanowisko Naczelnego Sądu Administracyjnego otwiera organom podatkowym duże możliwości, które istotnie podwyższają ryzyko korzystania z ulgi B+R. Niewielki w tym zakresie komfort daje stwierdzenie NSA, że „definicje działalności badawczo-rozwojowej, zawarte w art. 4a pkt 26-28 u.p.d.o.p. w zw. z art. 4 ust. 2 i 3 p.s.w.n. odpowiadają swoim zakresem przepisom Rozporządzenia KE [tj. rozporządzenia 651/2014]”. Po pierwsze, bynajmniej nie jest to oczywiste. Złożone definicje terminów takich jak „badania naukowe”, „prace rozwojowe” zawarte w ustawie Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce z 2018 r. oraz autonomicznej definicji „działalności badawczo-rozwojowej” zawartej w u.p.d.o.p. w zestawieniu z znajdującymi się w rozporządzeniu KE 651/2014 opisami działalności badawczej i rozwojowej, czy projektami badawczo-rozwojowymi, wskazują raczej na to, że mamy do czynienia ze zbiorami krzyżującymi, a niekoniecznie pokrywającymi się. Oznaczałoby to, że ulga B+R nie znajduje się automatycznie w wyłączeniu od obowiązku notyfikacji z uwagi na jej zgodność z rynkiem wewnętrznym. Takiemu ryzyku jasno zresztą dał wyraz NSA wskazując: „Dokonując ich wykładni [tj. przepisów ustawy o CIT regulujących ulgę B+R] należy mieć na względzie, że objęcie ulgą B+R innych niż wymienione w rozporządzeniu prac będzie skutkowało udzieleniem niedozwolonej pomocy publicznej lub wymagać będzie notyfikacji takiej pomocy”. Konsekwencje takiego stanu rzeczy byłyby niezwykle trudne dla podatników, a to z uwagi na to, że omawiana ulga nie była notyfikowana do KE zgodnie z postanowieniami rozporządzenia Rady (UE) 2015/1589. Tym samym istnieje ryzyko uznania, że organy podatkowe będą powoływały się bezpośrednio na przepisy UE, tj. art. 107 i 108 Traktatu o funkcjonowaniu UE, jak i na klauzulę zawieszającą (art. 3 rozporządzenia Rady (UE) 2015/1589), która do czasu potwierdzenia przez KE zgodności pomocy z zasadami rynku wewnętrznego uniemożliwiałaby korzystanie z omawianego zwolnienia.

Ugruntowanie stanowiska prezentowanego przez NSA wywoływałoby również bezpośrednie skutki dla podatników, którzy rozważają skorzystanie z ulgi B+R. Dla zastosowania analizowanej preferencji niezbędnym stałoby się bowiem najprawdopodobniej występowanie z wnioskiem o przyznanie ulgi jeszcze przed rozpoczęciem prac nad projektem lub rozpoczęciem działalności. Na gruncie rozporządzenia nr 651/2014 kluczowa pozostaje bowiem realizacja szczególnego warunku dotyczącego efektu zachęty (motyw 20, art. 2 pkt 23 oraz art. 6 rozporządzenia nr 651/2014).

Na marginesie tylko wskazujemy, że ustalenie NSA wydaje nam się być mimo wszystko nieprawidłowe i zbyt pochopnie wyrażone. W naszej ocenie omawiana ulga powinna być jednak traktowana jako instrument systemu podatkowego, który stanowi tzw. środek ogólny, nie zaś pomoc publiczną (z zastrzeżeniem wyjątków przewidzianych wprost w treści u.p.d.o.p., o czym szerszej poniżej). Kryterium odróżniającym powinno być tutaj przede wszystkim to, że ulga ta formalnie znajduje zastosowanie do niemalże wszystkich polskich przedsiębiorstw we wszystkich sektorach gospodarki. Nie występuje tutaj selektywność (pewne ograniczenia w stosowaniu omawianej ulgi należałoby raczej uznać za pomijalne) kluczowa dla przesądzenia, że mamy do czynienia z pomocą publiczną wymagającą przedstawienia sprawy do oceny KE.

Argumentem dodatkowo wspierającym ten pogląd jest to, że Polityka Komisji Europejskiej w sprawie ulg podatkowych stanowi, że ulgi, które nie są skierowane do wybranej kategorii podmiotów (według kryterium sektorowego, regionalnego, horyzontalnego) nie stanowią pomocy publicznej. Ich kluczowym aspektem nie jest bowiem faktyczny poziom wykorzystania ulgi, ale stworzenie mechanizmu  umożliwiającego jej wykorzystanie. Ponadto, KE wielokrotnie w przeszłości wskazywała, że środki służące realizacji określonych celów polityki (fiskalnej, czy szerzej gospodarczej), w tym zwolnienia podatkowe, nie stanowią pomocy publicznej, o ile są stosowane (jak wyżej wskazano) nieselektywnie. Istotne jest także to, że KE zajmowała się w przeszłości podobną sprawą, rozstrzygając, czy ulga na działalność badawczo-rozwojową jaką planowano wdrożyć we Włoszech jest środkiem pomocy publicznej. Wówczas KE zasadnie uznała, że tak nie jest (decyzja Komisji Europejskiej z dnia 11 grudnia 2007 r. w sprawie N 507/07, Dz. Urz. UE C 15 z 2008 r.).

Należy przy tym pamiętać, że ulga na działalność badawczo-rozwojową rzeczywiście może stanowić pomoc publiczną, jednakże wyłącznie w przypadkach ściśle określonych w u.p.d.o.p., co nie budziło dotychczas wątpliwości tak po stronie podatników, jak i organów podatkowych oraz sądów administracyjnych. Sytuacja taka dotyczy przedsiębiorców posiadających status centrum badawczo-rozwojowego w rozumieniu art. 17 ustawy z dnia 30 maja 2008 roku o niektórych formach wspierania działalności innowacyjnej (art. 18d ust. 3 i 3d-3k u.p.d.o.p.) oraz podatników, którzy rozpoczynają prowadzenie działalności (art. 18da ust. 1 -3 u.p.d.o.p.). Brak jednak podstaw normatywnych do przyjęcia, że wyżej powołane wyjątki miałyby rozciągać się na wszystkich podatników korzystających z omawianej ulgi. Co przy tym istotne, powyżej prezentowany sposób rozumowania już wiele lat temu potwierdzała, podlegającą ministrowi właściwemu do spraw gospodarki, Polska Agencja Rozwoju Przedsiębiorczości, która na swojej stronie internetowej przekonywała, że co do zasady „ulga nie jest traktowana jako pomoc publiczna”, a będą ją stanowić jedynie „dodatkowe odliczenia” przysługujące centrom badawczo-rozwojowym oraz podatnikom spełniającym przesłanki przewidziane w art. 18da ust. 1 -3 u.p.d.o.p.[1].

Pomimo tych uspokajających argumentów, podatnicy powinni do omawianego wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 20 sierpnia 2024 r. sygn. akt II FSK 595/24 podejść z wyjątkową uwagą i przeanalizować konsekwencje uznania stosowanej przez siebie ulgi za pomoc publiczną.